შინჯი იკარი ძვირფასი მეგობრის გარდაცვალების შემდეგ ემოციურად კომატოზირებულია. იმის გამო, რომ მის შვილს ფსიქიკურად არ შეუძლია პილოტირება ჰუმანოიდური რობოტი Evangelion Unit-01, გენდუ იკარის NERV ებრძვის ჩრდილოვან ორგანიზაციას SEELE-ს, რათა ნახოს, ვინ შეძლებს პირველი გეგმის განხორციელებას. SEELE-ს სურს შექმნას ღმერთის მსგავსი არსება საკუთარი სულების ევანგელიონის ერთეულში შერწყმით, ხოლო გენდუს სურს, მთელი კაცობრიობა დაუბრუნოს ერთ პირველყოფილ არსებას, რათა ის კვლავ გაერთიანდეს იუისთან, მის გარდაცვლილ მეუღლესთან.
SEELE ათავისუფლებს თავის სამხედრო ძალებს NERV-ის შტაბ-ბინაში სასიკვდილო შეჭრაში. როდესაც SEELE-ს ძალებმა მოკვეთეს NERV-ის მეცნიერები და უსაფრთხოების პერსონალი, ასუკა ლენგლი სურიუუ პილოტებს Evangelion Unit-02-ს სასოწარკვეთილი ბოლო პოზიციით SEELE-ის უმძიმესი იარაღის წინააღმდეგ.
ბრძოლა მძვინვარებს და დეპრესიული შინჯი ღრმად იმალება NERV-ის შტაბ-ბინაში. სამყაროს ბედი შინჯის ხელშია, კაპიტანი მისატო კაცურაგი ნადირობს თინეიჯერ ბიჭზე, როცა საზოგადოება მათ ირგვლივ იშლება.